La espiritualidad de Francisco Marto es completamente diferente a la de su hermana Jacinta y pudiese ser un poco más difícil de analizar que la de ella. Y hay una buena razón para esto, el mensaje de Jacinta de amar, orar y sacrificarse para salvar las almas de ir al infierno, se presenta con gran claridad y fuerza. La espiritualidad de Francisco es especialmente de contemplación.
En el momento de las apariciones contaba con 9 años, era dos años mayor que Jacinta y un año más joven que Lucía. Dentro del grupo de los tres aparece siempre de último, a pesar de ser niño, quizás por su temperamento retraído y tímido. Tenía un carácter dócil y abrazó en su corazón todo lo que sus padres les enseñaron. Fue en su hogar donde comenzó a conocer a Dios, a orar y participar de las funciones en la Parroquia; a ayudar a los vecinos que se encontrasen en necesidad, a ser sincero, obediente y diligente. Con regularidad asistía a las clases de catecismo que se daban en la Parroquia o las que daba su tía María Rosa dos Santos, la mamá de Sor Lucía.
Vivía en paz con todo el mundo, tanto con los adultos como con los niños de su propia edad. No se irritaba cuando le contradecían, y cuando jugaba no tenía dificultad ninguna en adaptarse a la voluntad de los demás. Era muy sensible a las bellezas de la naturaleza, la cual él contemplaba con simplicidad y admiración. Se deleitaba en la soledad de las montañas y permanecía admirado de la belleza de la salida del sol y de la puesta del sol. Él le llamaba al sol “la lámpara del Señor” y a las estrellas “las lámparas de los ángeles.” Era tal su inocencia que decía que cuando él fuera al cielo le iba a poner aceite a la lámpara de la Virgen. Su padre decía de él: “Él era más valiente que Jacinta. Algunas veces no tenía mucha paciencia. Francisco no era cobarde. Salía de noche, solo en la oscuridad, sin ninguna señal de temor. Jugaba con lagartijas y con culebras… y sin miedo cazaba zorras y otros animales.”
Francisco no nació siendo contemplativo, su padre recuerda que una o dos veces rehusó decir sus oraciones porque estaba teniendo un momento de rebeldía. Recordamos también que fue Francisco el que les quería enseñar a Jacinta y a Lucía la forma rápida de rezar el Rosario diciendo sólo la primera parte de cada oración, sin embargo después de las apariciones vemos que Francisco se convierte en aquel que siempre está rezando el Rosario. Él pudo haber sido el que encabezara el grupo de los videntes, sin embargo es el último. Por designios misteriosos de Dios, parece también el menos protegido por la gracia: Lucía ve a Nuestra Señora y habla con Ella; Jacinta, ve, oye, pero no habla, Francisco solamente ve, no oye ni habla con la Virgen (por esto tendrá que creer lo que su prima y su hermana le comunican). Cuando ocurrió la primera aparición de la Virgen vemos que a Lucía y a Jacinta se les promete inmediatamente el cielo, sin embargo a Francisco se le pone una condición: “…tiene que rezar muchos Rosarios”. Quizás la Virgen hizo esto porque era un poco perezoso para la oración, sin embargo los designios de Dios permitieron que esto fuera de esta forma ya que esta condición impuesta por Nuestra Señora introdujo a Francisco en una profunda vida de oración, y no ser meramente un repetidor del Santo Rosario sino más bien, un “contemplador de sus misterios.”
Esta situación aparente de estar en segundo plano, al lado de sus compañeras; esta aparente depreciación en el trato de la Virgen se ve recompensada por una gracia interior inmensa. La gracia de comprender el dolor del Señor a causa de los pecados de los hombres y la entrega total y generosa de su vida para consolar al Señor, al que vio tan triste.
Francisco decía: “¡Qué bello es Dios, que bello! pero Él está triste por los pecados de los hombres. Yo quiero consolarle, quiero sufrir por amor a Él.”
El deseo de su vida era consolar al Señor
Este deseo de consolar al Señor ofendido es la marca de la espiritualidad de Francisco como lo vemos en los siguientes episodios:
Lucía le preguntó a Francisco un día qué era lo que él prefería, consolar al Señor o convertir pecadores para prevenir que más almas cayeran en el infierno. Francisco no dudó en ningún momento y le respondió: “Yo prefiero consolar al Señor. ¿No te acuerdas el mes pasado cómo nuestra Señora se puso tan triste cuando nos pidió que no ofendiéramos al Señor, que ya estaba bastante ofendido? Yo quiero consolar al Señor, y después convertir pecadores para que ellos no le ofendan más con sus pecados.”
Un día en el que Francisco estaba retirado, Lucía le preguntó qué estaba haciendo y Francisco le respondió: “Estaba pensando que Dios está muy triste por causa de los muchos pecados. ¡Si yo lo pudiese consolar!…”
Otro día, cuando ya estaba enfermo, Jacinta y Lucía fueron a su cuarto, y él les pidió que por favor no hablaran mucho porque tenía un gran dolor de cabeza. Jacinta le dijo que no se olvidara de ofrecerlo al Señor por los pecadores. Él le respondió: “Sí, pero primero lo estoy ofreciendo para consolar al Señor y a la Virgen, y después por los pecadores y el Santo Padre”.
En el momento de su muerte, Lucía le da recados para el Cielo: “No te olvides allá de pedir por los pecadores, por el Santo Padre, por mí y por Jacinta. Sí, pediré, respondió él, y añadió: pero mira, esas cosas pídelas antes a Jacinta, que yo tengo miedo de olvidarme cuando llegue junto al Señor. Lo que quiero es consolarlo”. Todos estos ejemplos nos enseñan ese deseo insaciable de Francisco de orar y consolar al Señor. 
Francisco buscaba el silencio y la soledad para poder adentrarse por completo en contemplación y diálogo con Dios. Su amor por Jesús en la Eucaristía era inmenso, él le llamaba a la Sagrada Hostia “Jesús escondido.” Iba a Misa diariamente cuando le era posible y en las fiestas especiales. Pasaba largas horas en la Iglesia adorando a Jesús en la Eucaristía, haciéndole compañía y consolándolo por todas las ofensas que recibía. En él la oración que les enseño el Ángel se convirtió en vida:
“Yo creo, adoro, espero y te amo y te pido perdón por los que no creen, no adoran, no esperan y no te aman.”
Cuando sus padres comenzaron a mandarlo a la escuela en Boleiros, sabiendo él que iría muy pronto al Cielo, muchas veces no iba a la escuela sino más bien se quedaba en la Iglesia y le decía a Lucía: “Tú ve a la escuela mientras yo me quedo aquí en la Iglesia. No vale la pena que aprenda a leer si voy pronto al Cielo. Llámame cuando vengas de regreso.” Francisco se quedaba en la Iglesia todo el tiempo que duraba la escuela. Se iba al altar, delante de Jesús escondido en el Tabernáculo. Ponía sus manos en el altar y arrodillándose adoraba a su Señor y Dios realmente presente. Allí el consolaba a su Señor y allí mismo le encontraba Lucía cuando venía de regreso de la escuela. Francisco rezaba los quince misterios del Santo Rosario diariamente, y muchos más a parte de estos, en orden a cumplir el deseo de la Virgen. Además, le gustaba añadir jaculatorias que aprendía en las clases de catecismo y las que el ángel, la Virgen y sacerdotes le enseñaban. Él oraba a solas, con su familia y con los peregrinos, manifestando una recolección interior profunda y una confianza segura en la bondad divina.
Francisco mortificó su carácter y su voluntad, sobreponiéndose a la fatiga, negándose a sí mismo la comida para poder dársela a los pobres; no tomando agua por días completos, especialmente en los meces más calientes; ayunando durante la Cuaresma; usando una cuerda, como su hermana Jacinta, como penitencia; renunciando a sus juegos favoritos para dedicar más tiempo a la oración. No perdía la ocasión para unirse a la pasión de Cristo y cooperando de esta manera a la salvación de las almas y al crecimiento de la Iglesia. Con gran firmeza de espíritu y gran fortaleza soportó las injurias, las interpretaciones maliciosas, las persecuciones, hasta la cárcel. Cuando le amenazaban con matarle él decía: “Si nos matan iremos pronto al Cielo. Nada más importa.”
Se mantuvo siempre humilde y simple. Continuó haciendo todas sus tareas diarias, obedeciendo a sus padres y era atento con todos. Era paciente con los curiosos, recibiendo a todos los peregrinos. Era humanitario con los impíos y misericordioso con los que le pedían que orara por sus intenciones. Tenía una total indiferencia hacia los bienes terrenales y por su propia vida y salud. Como le había sido comunicado por la Virgen que su vida sería breve, pasaba los días en ardiente expectación de entrar en el Cielo.
El día 4 de abril de 1919, Francisco fue el primero en ir al Cielo, como lo había prometido la Virgen. Aquel que no escuchó y no habló con la Virgen fue el primero en alcanzar la meta que tanto anhelaban. La vida de Francisco nos reta a cada uno de nosotros a examinarnos en el amor al Señor.
El mensaje de Fátima fue vivido primeramente por aquellos niños que hoy se convierten en ejemplo para toda la Iglesia, para cada fiel y para todo el mundo. Pidamos su intercesión para que podamos alcanzar como ellos el Cielo y no escatimemos nada aquí en la tierra para poder alcanzarlo.